Gồm các chuyên ngành: Nông học, Nông hóa, Quản lý đất đai, Bảo vệ Thực vật, Chăn nuôi, Thú y, Lâm nghiệp, Thủy sản, Cơ khí Nông nghiệp và Kinh tế Nông nghiệp. Để lấy bằng Tiến sĩ, sinh viên phải học thêm ít nhất ba năm sau khi có bằng Thạc sĩ.

Chương trình đào tạo của trường Đại học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh mang tính liên ngành nhằm mục đích cung cấp kiến thức đa dạng, phong phú cho sinh viên. Hàng năm, học kỳ 1 bắt đầu từ tháng 9 đến tháng 1, và học kỳ 2 từ tháng 1 đến tháng 7. Mỗi học kỳ kéo dài 18 tuần. Chương trình học kéo dài trong 2 - 3 năm.